L’ultimo passaggio del percorso ZES Unica riguarda le componenti che chiudono il cerchio dell’agevolazione: la disciplina del cumulo con altre misure di sostegno, la documentazione delle fatture elettroniche con la relativa certificazione del revisore, le modalità concrete di utilizzo del credito d’imposta e le regole specifiche previste per i grandi progetti di investimento. A questi profili si affianca un’attenta verifica finale prima dell’invio dell’istanza, che rappresenta l’ultimo presidio per evitare scarti, ritardi o contestazioni in fase di controllo.
Quadro D: le altre agevolazioni e la disciplina del cumulo
Il Quadro D è dedicato alla mappatura di tutte le altre agevolazioni di cui l’impresa beneficia o ha richiesto sui medesimi costi oggetto del credito d’imposta ZES Unica. Per ciascuna agevolazione l’impresa deve compilare un rigo distinto, identificato progressivamente da D01 a D11, indicando una serie di dati strutturati. Le colonne 1, 2 e 3 raccolgono il provvedimento normativo di riferimento, sia esso una legge nazionale, un decreto-legge o una legge regionale, mentre le colonne 4 e 5 espongono la data e il numero del provvedimento di concessione, qualora già emanato. La colonna 6 indica l’ammontare dei costi agevolabili e la colonna 7 l’importo dell’agevolazione concessa o richiesta. Le colonne 8 e 9, infine, espongono l’equivalente sovvenzione lorda in percentuale e la tipologia dell’aiuto, distinguendo tra aiuti di Stato (codice 1) e altre agevolazioni (codice 2).
Le regole di cumulo e il divieto del doppio finanziamento
La disciplina del cumulo è costruita su tre pilastri concettuali. In primo luogo, il credito ZES Unica è cumulabile con aiuti di Stato e con aiuti de minimis che insistono sugli stessi costi ammissibili, a condizione che il cumulo non superi l’intensità o l’importo di aiuto più elevato consentito ai sensi dell’articolo 14, paragrafo 14, del Regolamento 651/2014. In secondo luogo, è ammesso anche il cumulo con misure agevolative che non sono qualificabili come aiuti di Stato secondo l’articolo 107 del TFUE, sempre nei limiti delle spese effettivamente sostenute, in modo da evitare qualsiasi sovracompensazione. In terzo luogo, opera un vincolo trasversale di particolare rilievo, ossia il divieto del doppio finanziamento previsto dall’articolo 9 del Regolamento UE 241/2021, che impedisce di coprire la stessa quota di costo con più strumenti di sostegno pubblico.
Sul piano del calcolo, il credito spettante è determinato applicando le percentuali di aiuto al costo dei beni e sottraendo gli aiuti già concessi o richiesti sui medesimi costi. Si tratta di un meccanismo di “intensità netta” che richiede una mappatura completa e tempestiva di tutte le agevolazioni in essere, perché l’omessa indicazione di un sostegno parallelo può tradursi in una sovrastima del credito e in conseguenti contestazioni in fase di verifica.
Quadro E: fatture elettroniche e identificazione SDI
Il Quadro E raccoglie gli elementi documentali che provano l’effettiva realizzazione degli investimenti. La Sezione I è dedicata agli estremi delle fatture elettroniche transitate dal Sistema di Interscambio. Per ciascuna fattura le colonne 1 e 2 riportano il numero della fattura e il codice identificativo SDI, le colonne 3 e 4 espongono l’importo agevolabile al netto dell’IVA e il riferimento al modulo del Quadro B della struttura produttiva interessata, mentre le colonne 5 e 6 contengono il codice fiscale dell’avente causa in caso di operazioni straordinarie e l’indicazione della natura di acconto della fattura, qualora ricorrente. Si tratta di un livello di dettaglio elevato, che presuppone una piena tracciabilità contabile dell’investimento e una corrispondenza puntuale tra le fatture esposte e i dati registrati nelle banche dati dell’Agenzia delle Entrate.
La certificazione del revisore e i codici qualifica
La Sezione II del Quadro E è dedicata alla certificazione del revisore, elemento documentale imprescindibile per la spettanza del credito. Il modello richiede l’indicazione della data e dell’identificativo della certificazione, oltre al codice fiscale del soggetto certificatore associato a un codice qualifica che ne specifica la natura. Il codice 1 individua il revisore legale iscritto al Registro tenuto dal Ministero dell’Economia e delle Finanze. Il codice 2 si riferisce al responsabile della revisione, ossia al socio o amministratore di una società di revisione. Il codice 3 è dedicato alla società di revisione in quanto tale, da indicare in un rigo distinto. Il codice 4, infine, individua i membri del collegio sindacale, ciascuno dei quali deve essere riportato in un proprio rigo dedicato.
L’invio della certificazione segue regole specifiche: deve essere trasmessa entro trenta giorni dalla pubblicazione del provvedimento previsto dall’articolo 1, comma 441 della legge 199/2025, attraverso il servizio “Consegna documenti e istanze” disponibile sul sito agenziaentrate.gov.it. La trasmissione è obbligatoria in tutti i casi in cui l’investimento comprenda spese non fatturabili oppure fatture di acconto, ossia nelle ipotesi in cui la sola documentazione SDI non sia sufficiente a comprovare l’effettiva realizzazione dell’investimento.
L’utilizzo del credito attraverso la compensazione F24
Il credito d’imposta ZES Unica può essere utilizzato esclusivamente in compensazione, secondo le regole dell’articolo 17 del D.Lgs. 241/1997, e quindi a riduzione di altri tributi e contributi dovuti dall’impresa. La decorrenza dell’utilizzo è fissata al giorno lavorativo successivo alla pubblicazione del provvedimento dell’Agenzia delle Entrate previsto dall’articolo 1, comma 441 della legge 199/2025, che individua l’ammontare del credito spettante a ciascun beneficiario. L’utilizzo concreto in compensazione, tuttavia, non è possibile prima del rilascio della seconda ricevuta da parte dell’Agenzia, ossia di quella che attesta il riconoscimento effettivo del credito. La presentazione del modello F24 deve avvenire esclusivamente attraverso i servizi telematici dell’Agenzia delle Entrate, pena il rifiuto dell’operazione.
I casi particolari nell’utilizzo del credito
La disciplina prevede regole specifiche per alcune fattispecie ricorrenti. Per gli investimenti non fatturabili e per le operazioni di leasing, il credito è utilizzabile a partire dal giorno successivo al rilascio della ricevuta di verifica documentale della certificazione, attività svolta dal Centro Operativo Servizi Fiscali di Cagliari. Si tratta di un passaggio aggiuntivo che allunga i tempi tecnici di accesso al credito e che richiede una predisposizione documentale particolarmente accurata.
Una soglia di particolare rilevanza opera quando il credito supera 150.000 euro: in questo caso l’utilizzo è subordinato all’esito positivo delle verifiche antimafia previste dal D.Lgs. 159/2011 e diventa obbligatoria la compilazione del Quadro C con l’elenco dei soggetti sottoposti a verifica. La soglia di 150.000 euro non opera in modo isolato, ma si cumula con i crediti ZES degli anni precedenti riferiti allo stesso beneficiario, scelta che impedisce di frazionare artificialmente l’investimento per restare al di sotto del limite. Va infine ricordato che, qualora l’importo utilizzato in compensazione superi l’ammontare utilizzabile, il modello F24 viene scartato e l’impresa riceve apposita comunicazione attraverso le ricevute consultabili nei servizi telematici dell’Agenzia.
I grandi progetti di investimento oltre i cinquanta milioni
Una disciplina specifica è prevista per i grandi progetti di investimento, definiti come quelli con costi ammissibili superiori a 50 milioni di euro. In questi casi l’importo di aiuto corretto si calcola applicando una formula derivata dall’articolo 2, punto 20, del Regolamento UE 651/2014: R moltiplicato per la somma di A più la metà di B. La variabile R rappresenta l’intensità massima di aiuto applicabile nella zona, esclusa la maggiorazione prevista per le piccole e medie imprese. La variabile A è pari alla quota dei costi ammissibili fino a 55 milioni di euro, mentre la variabile B individua la quota di costi compresa tra 55 e 100 milioni di euro, alla quale si applica un’intensità ridotta della metà.
Il meccanismo riflette una logica di sostegno decrescente al crescere della dimensione dell’investimento, in coerenza con l’orientamento europeo di favorire la diffusione degli aiuti piuttosto che la loro concentrazione. Per i grandi progetti, le intensità massime previste per le grandi imprese si applicano anche alle piccole e medie imprese, neutralizzando in questa specifica fattispecie la maggiorazione dimensionale. Il limite massimo per ciascun progetto resta fissato a 100 milioni di euro. Quando il progetto interessa più strutture produttive ubicate in zone con intensità diverse, il valore di R deve essere calcolato come media ponderata delle intensità sulla base dei costi ammissibili attribuibili a ciascuna zona.
Per le grandi imprese resta inoltre il vincolo di natura sostanziale previsto dall’articolo 14, paragrafo 7, del Regolamento 651/2014: il progetto deve essere diretto a un cambiamento fondamentale del processo produttivo e i costi ammissibili devono essere superiori alla somma degli ammortamenti dei tre esercizi precedenti relativi alle attività da modernizzare. Si tratta di un test di consistenza che impedisce alle grandi imprese di accedere al beneficio per investimenti meramente sostitutivi e che richiede una verifica numerica preventiva sulla base dei dati di bilancio.
La checklist finale e i principali motivi di scarto
Prima dell’invio della Comunicazione, la disciplina suggerisce una checklist articolata che consente di intercettare in anticipo le anomalie più frequenti. È necessario verificare che la partita IVA dell’impresa sia attiva alla data di invio, condizione formale che rappresenta uno dei principali motivi di scarto. Vanno controllate la corrispondenza tra codice attività ATECO e codice catastale del comune secondo l’Anagrafe Tributaria, la coincidenza degli estremi delle fatture SDI rispetto alla banca dati dell’Agenzia, la coerenza tra i dati della Comunicazione e quelli della Comunicazione integrativa e la corretta compilazione del Quadro C qualora il credito superi i 150.000 euro. Conclude la checklist la conferma del Riepilogo generato dal software prima dell’invio definitivo.
I principali motivi di scarto riproducono in negativo il contenuto della checklist e si concentrano su partita IVA non attiva alla data di invio, codice attività o codice comune non corrispondenti in Anagrafe Tributaria, fatture SDI non rinvenibili nella banca dati dell’Agenzia, dati incongruenti tra Comunicazione originaria e integrativa e mancata compilazione del Quadro C nei casi in cui sia obbligatoria. Si tratta di anomalie tutte prevenibili con una verifica accurata, ma che possono comportare la perdita della finestra di trasmissione qualora si manifestino a ridosso della scadenza.
I punti chiave da ricordare al termine del processo
A chiusura del percorso vale la pena fissare alcuni principi che attraversano l’intera disciplina e che ne rappresentano il filo conduttore. È sempre opportuno conservare integralmente la documentazione tecnica, contabile e contrattuale relativa all’investimento, per disporre del necessario supporto in caso di controlli successivi. Quando l’invio avviene tramite intermediario, è buona prassi consegnare al beneficiario una copia di tutta la documentazione trasmessa, sia per esigenze di trasparenza sia per agevolare eventuali successive verifiche. Sul piano procedurale, va ricordato che l’ultima Comunicazione validamente trasmessa sostituisce tutte le precedenti, regola che consente correzioni e aggiornamenti fino al termine della finestra ma che richiede attenzione per evitare di sovrascrivere inavvertitamente dati corretti con versioni successive incomplete. L’annullamento della Comunicazione integrativa, infine, comporta la decadenza dall’agevolazione, conseguenza che impone la massima cautela in caso di ripensamenti o interventi correttivi tardivi. Il software per la trasmissione, gratuito e disponibile sul sito agenziaentrate.gov.it, viene aggiornato periodicamente per recepire le novità normative e procedurali: ogni eventuale aggiornamento è segnalato sul sito dell’Agenzia e merita un controllo prima di procedere con l’invio.
Una visione d’insieme per un beneficio fiscale di rilievo
La disciplina del credito d’imposta ZES Unica per il triennio 2026-2028 si presenta come uno strumento di sostegno potente ma articolato, che richiede una visione d’insieme dei suoi quattro pilastri fondamentali: la qualificazione corretta dei beneficiari e degli investimenti, la determinazione delle intensità di aiuto applicabili, la compilazione tecnicamente accurata del modello con il raccordo tra investimento complessivo e quota tecnologica, e infine la gestione coerente delle altre agevolazioni, della certificazione e dell’utilizzo del credito. Una pianificazione integrata che tenga conto di tutti questi profili, sostenuta da una predisposizione documentale anticipata e da un dialogo continuo con il revisore certificatore, rappresenta la condizione operativa per cogliere appieno l’opportunità offerta dall’agevolazione e per affrontare con solidità le successive fasi di controllo.
